PHE ONWJ secara konsisten mengukur capaian program perlindungan keanekaragaman hayati (kehati) yang meliputi program utama Restorasi Mangrove Pantai Utara Jawa (REMAJA), Orang Tua Asuh Karang di Laut Utara Jakarta dan Jawa Barat (OTAK JAWARA) dan Konservasi Menyelamatkan Penyu Sisik (KONSER MYUSIK) setiap tahunnya. Kehati dalam angka pada periode tahun 2020 - 2024 secara umum menunjukan trend peningkatan dari tahun ke tahun, baik variabel angka penanaman vegetasi dan transplantasi karang, luas area restorasi/konservasi, indeks kehati (H') flora dan fauna dan maupun serapan karbon (CO2) serta telur yang diselamatkan, menetas sampai dengan tukik dilepasliarkan.

Capaian tersebut menandakan bahwa program yang dilaksanakan secara konsisten melindungi keanekaragaman hayati, membina/membentuk habitat biota, mitigasi perubahan iklim melalui serapan CO2 tanaman serta berkontribusi terhadap pemberdayaan masyarakat melalui pengelolaan ekoeduwisata pesisir dan peningkatan kelimpahan ikan karang.